Środki stosowane w państwach członkowskich są względem siebie substytucyjne jeśli zapewniają ten sam poziom ochrony. Ocena ryzyka i ustalenie odpowiedniego poziomu ochrony sanitarnej i fitosanitarnej odbywa się poprzez zastosowanie technik ustalonych przez organizacje międzynarodowe. Przy określaniu poziomu ochrony państwa członkowskie powinny brać pod uwagę następujące czynniki ekonomiczne:
- potencjalną szkodę w postaci utraconej produkcji lub sprzedaży w przypadku pojawienia się, usadowienia się, albo rozprzestrzenienia się szkodnika lub choroby
- koszt ich opanowania lub likwidacji na terytorium przywożącego członka oraz relatywną efektywność kosztową alternatywnych działań na rzecz zmniejszenia ryzyka.
Poziom ochrony powinien być dostosowany do warunków naturalnych występujących w danym regionie.
Członkowie porozumienia poprzez organizacje międzynarodowe zgadzają się wspierać pod względem technicznym inne kraje w szczególności rozwijające się.
Wszelki spory wynikające z przedstawionego porozumienia rozstrzygane są według artykułów XXII i XXIII GATT 1994.
Najczęstszą przyczyną sporów w ramach porozumienia SPS jest odmienna interpretacja trzech głównych zasad porozumienia.